Cộng đoàn Clê-men-tê phát sinh từ những ngày các linh mục Dòng Chúa Cứu Thế Việt Nam cựu tuyên úy của quân đội Việt Nam Cộng Hòa và một số linh mục, tu sĩ Dòng Chúa Cứu Thế Việt Nam vì lý do này hay lý do khác bị "xa nhà", nay lần lượt trở về sau 5, 10, 13 năm tù - cải tạo. Ngoài ra, cộng đoàn Clê-men-tê cũng gồm một số linh mục, tu sĩ vì lý do nào đó, không thể nhập vào một cộng đoàn bình thường của Tỉnh Dòng. Ða số các cha, các thầy ấy đã có thời phải xa nhà rất lâu và phải sống trong những hoàn cảnh đặc biệt hoặc trong các trại cải tạo. Trở về lại trong cuộc sống tạm gọi là bình thường, với những công việc tông đồ. tự chọn, đối diện với những vấn đề đa dạng của cuộc sống và sinh hoạt bình thường trong các gia đình., các ngài cảm thấy cần được gặp nhau, chia sẻ vui buồn, trao đổi tin tức, tìm giải đáp cho những khó khăn, nâng đỡ nhau về vật chất và tinh thần.

Trước thực tế ấy, đầu thập niên 1990, cha Bề Trên Giám Tỉnh Giu-se Trần Ngọc Thao đề nghị các cha, các thầy đó cùng nhau soạn thảo một bản nội quy Cộng Ðoàn Clê-men-tê (tên gọi mà các ngài đã tự chọn để nhớ đến vị thánh linh mục thừa sai Dòng Chúa Cứu Thế luôn trung thành với sứ mệnh cứu thế, mặc dù hoàn cảnh có thù nghịch với sự hiện diện của các dòng tu). Bản nội quy đã được đệ trình cha Giám Tỉnh và Ban Quản Trị Tỉnh, và đã được công nhận. Kể từ nhiệm kỳ thứ nhất của cha Giám Tỉnh Giu-se Cao Ðình Trị, Cộng Ðoàn Clê-men-tê thực thụ là một cộng đoàn Dòng Chúa Cứu Thế, một thành phần chính thức trong Tỉnh Dòng : Cộng Ðoàn được chính thức khai sinh ngày 15-03-1993, ngày lễ kính Thánh Clê-men-tê. Hiện nay cha Rô-cô Nguyễn Tự Do vẫn là cha đặc trách Cộng Ðoàn Clê-men-tê gồm 7 cha và 1 thầy.

Vì hoàn cảnh thực tế, việc hoạt động tông đồ của các thành viên trong Cộng Ðoàn Clê-men-tê do mỗi người tự định đoạt. Tuy vậy, khía cạnh tập thể không bị bỏ quên.

Mỗi linh mục, tu sĩ thuộc Cộng Ðoàn Clê-men-tê đều có những công việc tông đồ riêng : nhận giảng các ngày Chúa nhật hay các lễ trọng, các tuần tam nhật, các cuộc tĩnh tâm - cấm phòng. Ngoài những công việc mục vụ thuần tuý nói trên, mỗi vị đều có những công việc trường kỳ như: viết, dịch và phổ biến các sách tôn giáo; tổ chức các nhóm cầu nguyện và học hỏi Kinh Thánh; hướng dẫn và cổ võ việc sùng kính Ðức Mẹ; thăm viếng, an ủi và giúp đỡ những anh chị em bệnh hoạn, tật nguyền, mồ côi.; truyền thông Tin Mừng bằng ảnh tượng, băng vi-đê-ô, băng nhạc.; dạy giáo lý trong tinh thần cộng tác với các cha quản xứ.Những công việc đó đạt nhiều kết quả và giúp ích cho nhiều người.

Việc tông đồ tập thể nổi bật nhất của Cộng Ðoàn Clê-men-tê là giảng đại phúc. Tính từ tháng ba năm 1994 đến tháng ba năm 2000, trong vòng 6 năm, Cộng Ðoàn đã giảng 9 cuộc đại phúc tại các vùng khác nhau, mang lại nhiều kết quả thật tốt đẹp, nối lại truyền thống đại phúc của Dòng Chúa Cứu Thế Việt Nam đã từng bị ngưng trệ vì thời thế.

Cộng Ðoàn Clê-men-tê được thành lập và hiện đang tồn tại như một dấu chỉ hoạt động của Chúa Thánh Thần, và như một bằng chứng tinh thần tông đồ cũng như khả năng thích ứng với hoàn cảnh . của tập thể Tỉnh Dòng Chúa Cứu Thế Việt Nam nói chung và của các thành viên của Cộng Ðoàn nói riêng.